Aquaculture Bioinformatic
Comparative physical maps derived from BAC end sequences of tilapia (Oreochromis niloticus)
Latar belakang Ikan nila (Oreochromis sp.) Adalah spesies yang paling penting dalam akuakultur dan sumber utama hewan berprotein untuk jutaan orang di negara berkembang didunia. Hanya upaya terbatas telah dibuat untuk perbaikan genetik spesies ini. Urutan dari genom ikan nila akan menjadi sumber daya yang mendasar digunakan untuk seleksi genetik, pada ciri-ciri seperti kinerja pertumbuhan dan perlawanan penyakit, untuk menciptakan strain ikan dioptimalkan untuk kondisi budaya yang unik dari masing-masing negara.
Ikan nila dan spesies erat terkait lainnya dari Afrika ikan cichlid juga banyak digunakan dalam penelitian dasar. Ikan nila mengekspresikan gen insulin manusiawi sedang diteliti sebagai sumber sel islet yang mungkin ditransplantasikan ke manusia untuk mengontrol diabetes Tilapia yang juga merupakan model penting untuk mempelajari lingkungan pengaruh pada diferensiasi seks. Erat terkait haplochromine cichlids dari danau Afrika Timur adalah model sistem untuk mempelajari dasar genetik dari perilaku dan evolusi proses adaptasi dan spesiasi Cichlid genomik.
Kemajuan telah dibuat dalam mengembangkan genomik sumber daya untuk ikan nila di Afrika Timur ikan cichlid. Peta genetik telah dipublikasikan untuk ikan nila, Danau Malawi haplochromines, dan Astatotilapia burtoni. Ada juga koleksi ekstensif dari EST untuk Danau Victoria haplochromines,A.burtoni dan ikan nila. Beberapa BAC perpustakaan telah dibangun untuk ikan nila, dan membangun sebuah peta fisik. BAC perpustakaan telah dibangun juga untuk haplochromine cichlids dari danau Malawi, Victoria dan Tanganyika . Perbandingan fisik peta Peta komparatif telah menjadi perantara yang berguna sumber daya untuk spesies pertanian banyak sebelum selesai urutan genom yang tersedia. Paling sering peta ini komparatif telah mengandalkan pada pemetaan homolog gen penanda dalam panel radiasi hibrida, namun peta komparatif juga telah didasarkan pada analisis Urutan akhir BAC. Sampai genom lengkap urutan tersedia untuk nila, peta komparatif untuk urutan genom spesies ikan model akan memberikan organisasi terbaik dari data sekuens parsial untuk ikan cichlid. Akhir-urutan perpustakaan BAC adalah langkah kunci dalam mempersiapkan untuk sequencing genom ikan nila senapan. SUMBER JURNAL
0 comments:
Posting Komentar